Микроорганизмы занимают все пространства на поверхности кожи и слизистых оболочках открытых полостей в организме человека. Особенно значимую функцию выполняет микробиота желудочно-кишечного тракта (ЖКТ).
Колонизация кишечника ребенка бактериями начинается еще в утробе материи во время родов (при кесаревом сечении новорожденный не получает элементы микробиоты матери, так как не проходит по родовым путям).
Функции эпигенетики, нейроэндокринной системы, иммунной системы, метаболизма и сигнальных механизмов микробиоты, аналогичные тем, что у взрослого человека, у ребенка начинают формироваться к двум-трем годам жизни и достигают своего развития к 12-14 годам.
Здоровье кишечника является исключительным фактором для существования микробиоты и реализации им своих функций, например: защита от колонизации патогенными микроорганизмами, нейтрализация вредных химических соединений, переваривание белков, липидов, углеводов и других нутриентов, участие в метаболизме желчных кислот, обеспечение организма-хозяина энергией, регуляция перистальтики, газового состава, температуры, уровня кислотности, участие в развитии иммунной системы хозяина, выработка нейромедиаторов и их предшественников, непосредственно проникающих в головной мозг или действующих на уровне периферической нервной системы, которая далее воздействует на мозг.
Для поддержания и восстановления микробной среды в организме человека при различных патологических состояниях применяется широкий спектр средств, таких как пробиотики, симбиотики, комбиотики, пребиотики, синбиотики, виробиотики, включая фагобиотики, а также генно-инженерные пробиотики и метабиотики.